A empresa S.A. Central Elétrica Rio Claro (SACERC) inaugurou a Usina do Jacaré em 1944, em plena Segunda Guerra Mundial. Sua principal missão era abastecer uma fábrica de armamentos que seria construída na cidade de Limeira.A guerra trouxe várias restrições de matérias-primas e equipamentos. Parte das tubulações de água foi construída em madeira, porque não havia como importar aço para os tubos.

Além da represa e da casa de máquinas, a Sacerc instalou uma vila residencial, formada por casas com varandas, dispostas ao longo de um grande pátio com mangueiras.

Em 1965, a Sacerc foi vendida à Companhia Hidrelétrica do Rio Pardo, e a Usina do Jacaré terminou incorporada à Companhia Energética de São Paulo - CESP em 1966. Nessa época as pequenas hidrelétricas eram consideradas pouco lucrativas, e em 1970 a usina foi desativada.

Em 1998, a Usina do Jacaré foi doada para a Fundação Energia e Saneamento. Em 2008, a antiga usina, recuperada, voltou a gerar energia, e, em janeiro de 2014, teve a geração encerrada em virtude de rompimento de adutora e finalização de contrato com a empresa geradora. No momento, a Fundação já estabeleceu novo contrato com nova companhia geradora e aguarda finalização de obras de readequação para reativar a PCH.